O primeiro passo para a criação do Inaf foi a realização do "I Seminário Internacional sobre Analfabetismo Funcional". O objetivo foi discutir estratégias para a construção de um indicador nacional de alfabetismo funcional. O evento foi realizado em 26 de março de 2001. Participaram do encontro pesquisadores de algumas das mais importantes universidades brasileiras, dirigentes do Ministério e Secretarias de Educação e de ONGs, agentes voltados à formação profissional, jornalistas e outras personalidades do campo. Três consultores internacionais trouxeram para debate a experiência de seus países no assunto.
Os passos seguintes incluíram a definição da metodologia de pesquisa e o desenvolvimento dos instrumentos, a revista, o teste e o questionário. Por último, realizou-se um pré-teste nacional para verificar a eficácia dos instrumentos.